Po započetí asanační přestavby Josefova byl roku 1898 ustaven „Spolek pro vybudování nového chrámu“, který by sloužil jako náhrada za zbořenou Cikánovu, Velkodvorskou a Novou synagogu. V lednu 1899 spolek zakoupil starý dům v Jeruzalémské ulici na Novém Městě jako pozemek pro novou stavbu. První projekt synagogy v novorománském slohu od stavitele Aloise Richtera vznikl roku 1899, druhý projekt v novogotickém slohu od stavitele Josefa Linharta v roce 1901. Třetí projekt vypracoval roku 1903 známý vídeňský architekt Wilhelm Stiassny. Ten byl následujícího roku schválen a v letech 1905–06 byla stavba na náklady spolku zbudována stavitelem Aloisem Richterem. Na svátek Simchat Tora byla nová synagoga 16. září 1906 zasvěcena. Jeruzalémská synagoga je zajímavým příkladem secesní stylizace tvarosloví maurského slohu. Půdorys synagogy tvoří trojlodí bazilikálního typu se dvěma příčnými křídly. Hlavní průčelí vyznačuje mohutný islámský oblouk s rosetovým oknem s Davidovou hvězdou uprostřed a biblickým veršem po obvodu: „Toto je brána Hospodinova, skrze ni vcházejí spravedliví“ (Žalm 118:20). Štít průčelí vrcholí mramorovými deskami Desatera a dvěma vížkami po stranách. Střední arkádu vstupního portiku lemuje biblický verš: „Což nemáme my všichni jednoho Otce? Což nás nestvořil jediný Bůh?“ (Malachiáš 2:10). Dlouhý vnitřní prostor synagogy je rytmizován dvěma řadami sedmi islámských oblouků, které nesou galerie pro ženy. Předprseň galerie je zdobena biblickými citáty (Žalm 121:1 východ, Žalm 122:6–7 sever, Žalm 69:14 západ, Žalm 141:1-3 jih). Nalevo od vstupu je v hlavní lodi umístěna nápisová deska, přenesená sem z Cikánovy synagogy. Přízemí hlavní lodi i galerie jsou osvětleny velkými okny s vitrážemi. Vysoký svatostánek (aron ha-kodeš) je ozdoben reliéfem vinného keře a deskami Desatera. Stěny pokrývá bohatá malířská výzdoba a interiér doplňují četné tepané lustry. Na západní empoře jsou umístěny rozměrné varhany. Jeruzalémská synagoga sloužila za války jako skladiště. Díky tomu byla z části uchráněna devastace a slouží již po celé století bohoslužbám Židovské obce v Praze. Při průzkumu nástěnných maleb byl v lednu 2003 pod mramorovou deskou vlevo od svatostánku objeven ukrytý pergamenový svitek, který zde ležel nedotčen téměř celé století. Kaligraficky provedená „Závěrečná listina“ obsahuje vylíčení historie stavby, údaje o stavebnících a stavitelích a seznam firem a řemeslníků, kteří se na stavbě a její výzdobě podíleli. V závěru pamětní listiny zakladatelé synagogy píší: „Tato listina byla v upomínku na šťastné skončení této stavby sepsána, ode všech na stavbě zúčastněných podepsána a za přítomnosti mnohých čestných hostí do závěrečného kamene stavby uložena. Kéž tento chrám mnohá staletí přečká a ještě v daleké budoucnosti o zbožné mysli svých zakladatelů svědčí. Kéž vždy vyhovuje v plném rozsahu svému určení: aby shromažďoval věřící ve svých prostorách, kde by svou mysl povznášeli k Stvořiteli. Tak dejž Bůh! Dáno v Praze, dne 16. září 1906.“ Arch. Wilhelm Stiassny (1842–1910) se narodil v Bratislavě, studoval na vídeňské polytechnice a akademii. Ještě za studií založil spolek Vídeňská stavební huť, který usiloval o obnovou těsné spolupráce architekta s mistry všech řemesel při realizaci nových staveb. Roku 1866 si Stiassny založil samostatný projekční atelier a v letech 1868 až 1905 projektoval a řídil stavbu 180 rodinných domků, rezidencí, škol, sirotčinců, nadačních domů, nemocnic a synagog v celé monarchii. Řadu svých staveb postavil v českých zemích. Byl také autorem synagogy v Malackách (1886–87), v Jablonci nad Nisou (1892), největší pražské synagogy na Královských Vinohradech (1896 až 1898), secesních synagog v Čáslavi (1898–1900) a v Prostějově (1904). V letech 1877–78 projektoval Ústřední židovský hřbitov ve Vídni, kde navrhl také řadu rodinných hrobek. Byl zakladatelem a mnohaletým prezidentem „Společnosti pro záchranu a konzervování židovských uměleckých a historických památek“ (1895) a Židovského muzea ve Vídni (1897). Stálá expozice Výstava nazvaná „Židovská obec v Praze od roku 1945 po dnešek“ představuje dosud neznámou poválečnou historii Židovské obce v Praze a za pomoci unikátních fotografií, dokumentů a dokumentárních filmů zachycuje klíčové okamžiky její existence od konce druhé světové války až do současnosti. Výstava je realizována Židovskou obcí Praha, za finanční podpory Magistrátu hl.města Prahy a Nadace Židovské obce v Praze. Stálá expozice nazvaná „Židovské památky a jejich rekonstrukce po roce 1989“ ukazuje návštěvníkům průběh oprav a rekonstrukcí židovských památek spravovaných Židovskou obcí v Praze formou fotodokumentace, grafickými a audiovizuálními zdroji informací.