Synagoga byla postavena v letech 1905–1906 podle projektu vídeňského architekta a císařského stavebního rady Wilhelma Stiassneho jako náhrada za tři synagogy (Zigeinerovu, Velkodvorskou a Novou), které byly zničeny v letech 1898–1906 během asanace. Ačkoliv spolek, který si vzal za své zajistit výstavbu synagogy, byl založen již v roce 1896, trvalo deset let, než byla synagoga dne 16. září 1906 slavnostně otevřena. V prvních letech nesla jméno Jubilejní chrám císaře Františka Josefa na památku padesátiletého výročí jeho panování, připadající na rok 1898. Po první světové válce se pomalu vžil současný název Jeruzalémská synagoga podle ulice, v níž se nachází. Ta však nemá se synagogou nic společného: ulice je pojmenována podle bývalé jeruzalémské kaple kostela sv. Jindřicha, který se nachází v jejím sousedství.

Jeruzalémská synagoga je unikátní tím, že je jedinou z osmi synagog postavených podle projektu W. Stiassneho, ve které se dosud konají pravidelné bohoslužby. Výjimku tvoří pouze válečná léta 1941–1945, kdy zde byl umístěn sklad zabaveného židovského majetku.

Kromě bohoslužeb slouží synagoga i jako kulturní a výstavní prostor. Při pravidelných koncertech si zde návštěvníci mohou poslechnout unikátně dochované původní varhany z dílny Emanuela Štěpána Petra.

Výstava ČESKO-NĚMECKO-ŽIDOVSKÉ OPOMÍJENÉ OSOBNOSTI prezentuje 20 neprávem opomíjených židovských osobností s českými kořeny, které se výrazným způsobem proslavily ať už svým kulturním, vědeckým nebo politickým významem. Společným jmenovatelem vybraných osobností je skutečnost, že mnoho z nich není ve své rodné vlasti známo a jsou vnímáni spíše jako Němci či Rakušané. Návštěvníci se mohou například seznámit s osudy hudebního vědce Guido Adlera, biochemiků a lékařů Gerty a Carla Cori, ekonoma Alexandra Kafky, novináře Hanse Natonka či lékaře a etnografa Jakoba Eduarda Pollaka. Touto výstavou chce Židovská obec v Praze přispět k rozšíření základních znalostí kulturních dějin (nejen) středoevropského regionu.

Výstava bude k vidění až do 26. července 2023.